Отправлено: 13.12.08 18:51. Заголовок: Альтернативная эволюция (продолжение)

Предлагаю обсудить альтернативную эволюцию на Земле на данном сайте.

 Отправлено: 11.04.16 18:13. Заголовок: Zenitchik пишет: Воп..

Zenitchik пишет:

цитата:

Вопрос размещения жгутика в потоке - это уже отдельная тема.

Можно переделать его в подобие вертилятора и прицепить к клетке, которая сидит на некоей поверхности, желательно достаточно широкой трубке вроде щели между двумя камнями.

 Отправлено: 12.04.16 12:34. Заголовок: Zenitchik пишет: Са..

Zenitchik пишет:

цитата:

Сажаем ротор АТФ-синтазы прямо на вал жгутика. И пускай крутится. Вопрос размещения жгутика в потоке - это уже отдельная тема.

Ну тут, собственно, возникают такие вопросы.
Жгутик же вроде сам как-то с АТФ работает (хотя я не в курсе) - можно ли там поковырять?
Можно ли вообще синтазу механически раскрутить, если так-то она работает за счёт протонного тока?

Ну и да, "отдельная тема" - это тоже занятно. Как же жгутик поставить, чтобы он не болтался без толку, и можно ли его вообще раскрутить извне?

И вот ещё о чём я думаю - а надо ли сразу АТФ пилить, или начать с чего попроще, вроде накачки протонов? И какие в принципе механизмы преобразования энергии можно тут заюзать?

 Отправлено: 12.04.16 15:01. Заголовок: valenok пишет: Можн..

valenok пишет:

цитата:

Можно ли вообще синтазу механически раскрутить

А почему нет?

valenok пишет:

цитата:

Как же жгутик поставить, чтобы он не болтался без толку, и можно ли его вообще раскрутить извне?

Жгутик преобразует момент своего вращения в силу упора. За счёт чего он это делает? Очевидно за счёт своей формы. Не может быть, чтобы такой простой механизм не был обратим.

valenok пишет:

цитата:

начать с чего попроще, вроде накачки протонов?

А почему Вы думаете, что это проще? У нас есть АТФ-синтаза, которую надо крутить. Мне представляется, что механически связать её ротор со жгутиком - тривиальное решение.

 Отправлено: 12.04.16 17:04. Заголовок: Zenitchik пишет: А ..

Zenitchik пишет:

цитата:

А почему нет?

Ну, может, она от такого обращения сломается. Такую структуру испортить несложно.

цитата:

Жгутик преобразует момент своего вращения в силу упора. За счёт чего он это делает? Очевидно за счёт своей формы. Не может быть, чтобы такой простой механизм не был обратим.

Так он же гибкий. Как верёвочка на вращающемся основании: по-моему, раскрутить это основание, подставив верёвочку потоку воды - та ещё задача.
Хотя может, конечно, я нифига не понимаю и всё совсем не так, но тем не менее.

цитата:

А почему Вы думаете, что это проще?

Потому что не уверен, можно ли синтазу механически крутить.

 Отправлено: 12.04.16 19:08. Заголовок: valenok пишет: Так ..

valenok пишет:

цитата:

Так он же гибкий. Как верёвочка на вращающемся основании

Вы когда-нибудь видели, чтобы верёвочка на вращающемся основании создавала силу упора? Вот и я тоже. Следовательно, в конструкции жгутика есть что-то, что позволяет ему работать винтом. Тянущим или толкающим. А что может быть винтом - сможет быть и турбиной.

цитата:

может, она от такого обращения сломается.

Надо сделать так, чтобы не сломалась. Это техническая трудность, а не принципиальная.

 Отправлено: 12.04.16 21:10. Заголовок: valenok пишет: Так о..

valenok пишет:

цитата:

Так он же гибкий.

Я ведь сразу предложил изменить его форму %)

 Отправлено: 13.04.16 07:38. Заголовок: Zenitchik пишет: Вы..

Zenitchik пишет:

цитата:

Вы когда-нибудь видели, чтобы верёвочка на вращающемся основании создавала силу упора? Вот и я тоже. Следовательно, в конструкции жгутика есть что-то, что позволяет ему работать винтом. Тянущим или толкающим. А что может быть винтом - сможет быть и турбиной.

Ну, если так посмотреть, то правильнее будет не верёвочка, а резиновая трубочка, которая гнётся только до определённого предела. потому он при вращении и принимает штопорообразную форму.
Тогда да, хоть турбина и получится довольно странная.

цитата:

Надо сделать так, чтобы не сломалась. Это техническая трудность, а не принципиальная.

По-моему, сложность в том, что это ведь не просто колесо - вращение происходит за счёт конформационных изменений субъединиц синтазы.

Мех пишет:

цитата:

Я ведь сразу предложил изменить его форму

Ну, это ещё не факт, что возможно. Хотя я как-то видел картинку молекулярного пропеллера. 8)

 Отправлено: 13.04.16 09:57. Заголовок: valenok пишет: Ну, э..

valenok пишет:

цитата:

Ну, это ещё не факт, что возможно.

А в чём проблема? На крайняк можно запилить поверх жгутика нечто вроде минерального покрытия а-ля фораминиферы.

 Отправлено: 03.05.16 10:41. Заголовок: Сейчас спонтанно воз..

Сейчас спонтанно возникла такая мысль. Допустим, некая клетка использует ДНК, считывая по три основания сразу и интерпретируя такие тройки как отдельные буквы. Но при определённых условиях она использует иной метод, например смотря по четыре и таким образом получая совершенно другие команды на синтез белков. Насколько это реализуемо в рамках земной биологии, и если нет, то какая тогда нужна? И для чего может быть нужна такая система?

 Отправлено: 03.05.16 17:06. Заголовок: Почему бы нет. Для т..

Почему бы нет. Для того, чтобы использовать в белках больше аминокислот.

 Отправлено: 03.05.16 18:22. Заголовок: Правда, в этом случа..

Правда, в этом случае систему придётся очень хорошо калибровать, а мутации приведут к гораздо более серьёзным изменениям. Впрочем, ежели делать некие "минимальные наборы" кратными двенадцати...

 Отправлено: 03.05.16 20:15. Заголовок: Мех пишет: мутации ..

Мех пишет:

цитата:

мутации приведут к гораздо более серьёзным изменениям

Не факт. Не во всех позициях пептидной цепочки аминокислоты несут структурную функцию. Многие могут быть заменены безболезненно.

 Отправлено: 07.05.16 17:00. Заголовок: Мех, ты знаешь, что ..

Мех, ты знаешь, что такое альтернативный сплайсинг?

 Отправлено: 07.05.16 17:18. Заголовок: Увыъ, на википедии о..

Увыъ, на википедии о нём написано слишком сложно~

 Отправлено: 08.05.16 11:45. Заголовок: Насчет молекулярной "турбины"

У меня такое подозрение, что кпд турбины будет сильно уступать даже самому хилому фотосинтезу и потребует сильного и постоянного течения (видели, как лихо скачут кишечные палочки (относительно своих размеров))?

 Отправлено: 08.05.16 13:03. Заголовок: Ну, если коротко, то..

Ну, если коротко, то...
Ген представляет собой совокупность экзонов и интронов — полезных, кодирующих участков и бессмыслицы.
Вот, допустим, чередуются по алфавиту экзон-интрон:

ААААББББВВВВГГГГДДДДЕЕЕЕЖЖЖЖЗЗЗЗ

Суть альтернативного сплайсинга в том, что белковую матрицу можно составить из разных экзонов. ААААВВВВ, ААААДДДД, ВВВВЖЖЖЖ, и т.д. И всё это будут разные белки, хотя и родственные. А ещё система транскрипции может "забыть" вырезать интрон, и тогда даже может сдвинуться рамка считывания, но это редко и на небольших участках. Короче, те ещё кройка и шитьё.

Твой вариант схож по цели — уместить в одном гене несколько белков. Но так, как предлагаешь ты, не получится. Это всё равно, что писать по-русски, забыв переключить раскладку, и получить связный текст на английском. То есть, можно — но только если слово короткое, и такие случаи наперечёт. Это не стоит того, чтобы городить целую отдельную систему транскрипции. Неэффективно. Есть работающий эффективный способ — альтернативный сплайсинг.

 Отправлено: 10.05.16 11:51. Заголовок: Вообще говоря, это, ..

Вообще говоря, это, наверно, интересно. Использование на одной ДНК двух разных считывающих аппаратов, и, соответственно, раздельная маркировка генов, для каждого. Промоторы и так специфичные, поэтому можно обеспечить обработку триплетных генов триплетными ферментами, а квадруплетных - квадруплетными.
Но это неоптимально, всё равно что применять в одном проекте две библиотеки с перекрывающимся функционалом.

 Отправлено: 24.06.16 19:27. Заголовок: А как бы развивалась..

А как бы развивалась бы эволюция нотозавров, если бы они были выгнаны в открытый океан?

 Отправлено: 24.06.16 19:30. Заголовок: Разве не так же?..

Разве не так же?

 Отправлено: 24.06.16 19:38. Заголовок: ник пишет: Разве не..

ник пишет:

цитата:

Разве не так же?

Наверное, только я не знаю, в открытом океане какие характеристики выгоднее? длинная или короткая шея, большие или маленькие челюсти?