Отправлено: 13.12.08 18:51. Заголовок: Альтернативная эволюция (продолжение)

Предлагаю обсудить альтернативную эволюцию на Земле на данном сайте.

 Отправлено: 27.09.11 19:57. Заголовок: http://en.wikipedia...

http://en.wikipedia.org/wiki/Nucleobase
http://en.wikipedia.org/wiki/Nucleic_acid_analogues
Чертовски ДА! Если чего-то нигде нет - надо смотреть на аглицкой википедии >:D

 Отправлено: 27.09.11 15:40. Заголовок: Мех пишет: Прям то ..

Мех пишет:

цитата:

Прям то же самое? Он вообще в природе встречается в каких делах?

В ДНК.
Мех пишет:

цитата:

Z-P, V-J, X-K

Помимо пяти известных я привёл тебе ещё семь. Почём знать, что это не они?

 Отправлено: 27.09.11 16:41. Заголовок: Юный биолог пишет: В..

Юный биолог пишет:

цитата:

В ДНК.

В какой роли? В смысле, если он аналогичен тимину при связи с аденином, то это получается мощный мутаген? Потому что кроме "компиляции" ДНК будет постоянно выдавать ошибки.

цитата:

Помимо пяти известных я привёл тебе ещё семь. Почём знать, что это не они?

Расскажи про них подробнее, и сравним все вместе.

 Отправлено: 28.09.11 08:57. Заголовок: Огорчу тебя: ничего ..

Огорчу тебя: ничего нового. Метилированные и аминированные формы - не отдельные нуклеотиды.

 Отправлено: 28.09.11 09:00. Заголовок: А я вот что нашёл. И..

А я вот что нашёл. И вот.

 Отправлено: 28.09.11 09:41. Заголовок: Зато ясен принцип: h..

Зато ясен принцип:



По краям ответными друг другу являются O и NH₂
В центре - N и NH.
Кстати, в формуле явная ошибка. Её легко видеть, если посчитать связи.

Короче, можно путём нехитрого комбинирования получать новые нуклеотиды и чисто геометрически видеть с чем они совместимы.

 Отправлено: 28.09.11 10:59. Заголовок: Юный биолог пишет: М..

Юный биолог пишет:

цитата:

Метилированные и аминированные формы - не отдельные нуклеотиды.

Зато диаминопурин показывает себя более удачной версией аденина =) А изоцитозин и изогуанин ещё выше были названы новыми буквами, так что как ни крути.

цитата:

А я вот что нашёл. И вот.

Про ПНК, ТНК, а также ЛНК, морфолино и што-то ещё я писал ещё весною. Но там, как я понимаю, те же самые буквы %)

Zenitchik пишет:

цитата:

По краям ответными друг другу являются O и NH2 В центре - N и NH. Кстати, в формуле явная ошибка. Её легко видеть, если посчитать связи. Короче, можно путём нехитрого комбинирования получать новые нуклеотиды и чисто геометрически видеть с чем они совместимы.

Там много таких ошибок - уж не закономерны ли они?

Да, у меня была такая же мысль. А сколько всего получится таких комбинаций, и как проверить их устойчивость? В смысле, ведь там какие-то ограничения, как я помню из школьных уроков химии. И ещё, надо ведь им и названия подобрать, то есть выяснить, верно? Если всё это возможно и выполнимо - готов самолично заняться %)

 Отправлено: 28.09.11 11:47. Заголовок: Мех пишет: диаминоп..

Мех пишет:

цитата:

диаминопурин

Аминзамещённый. Не то.
Мех пишет:

цитата:

изоцитозин и изогуани

ИЗО. Изомеры по группам- то же самое, что и исходные. Не то.
Мех пишет:

цитата:

Но там, как я понимаю, те же самые буквы %)

Зато бумага другая.

 Отправлено: 28.09.11 12:02. Заголовок: Хорошо, почему тогда..

Хорошо, почему тогда iso-G и iso-C перечислены в списке "генетических букв", если они никоим образом не отличаются от обычных?

 Отправлено: 28.09.11 10:05. Заголовок: Пятивалентный углеро..

Пятивалентный углерод встречается, но это не тот случай.

 Отправлено: 28.09.11 12:01. Заголовок: Инозин, пуромицин, н..

Инозин, пуромицин, небуларин, амицетин, плеокацетин, ксантин, туберцитидин, сангивамицин, тойокамицин, коформицин, синефунгин и изоаллоксазин. Изоаллоксазин ничему не комплементарен.

 Отправлено: 28.09.11 12:08. Заголовок: Юный биолог пишет: И..

Юный биолог пишет:

цитата:

Инозин, пуромицин, небуларин, амицетин, плеокацетин, ксантин, туберцитидин, сангивамицин, тойокамицин и изоаллоксазин. Изоаллоксазин ничему не комплементарен.

К чему этот набор слов? Что он значит? Где здесь комплементарные пары?

 Отправлено: 28.09.11 14:58. Заголовок: Не знаю.....

Не знаю...

 Отправлено: 28.09.11 15:21. Заголовок: Мне не досуг занимат..

Мне не досуг заниматься. Найдите из достоверного источника структуры тимина и аденина, и попробуйте воссоздать без ошибок то, что на приведённых мной картинках. Заодно ясно станет, какие там ограничения.

 Отправлено: 28.09.11 15:26. Заголовок: Ну, структуры можно ..

Ну, структуры можно и на википедии взять, а вот насчёт ограничений - ох, не знаю. Всё-таки комбинаций много, и с первого взгляда все кажутся достоверными. Мне, по крайней мере.

 Отправлено: 28.09.11 18:19. Заголовок: Нуклеотиды.

[реклама вместо картинки]
То, что тут два разных P, меня прост-таки убивает х_х

Скрытый текст

Работающие комбинации: A-T / G-C A-T / iG-iC A-T / X-K G-C / iG-iC dX хорошо заменяет X в комбинациях X-K. H успешно заменяет G в комбинациях с G-C. A, B, P, D и dA в комбинациях с тимином взаимозаменяемы. Итого - 27 вариантов четырёхбуквенного кода "пурин-пиримидин" %)

 Отправлено: 29.09.11 09:07. Заголовок: Мех пишет: X Ксант..

Мех пишет:

цитата:

X

Ксантин?

 Отправлено: 29.09.11 09:09. Заголовок: А пёс его знает (ц) ..

А пёс его знает (ц) Думал у вас спросить - авось какие-то формулы знакомы %) Сегодня проверю.

 Отправлено: 29.09.11 09:23. Заголовок: 27 вариантов четырёх..

цитата:

27 вариантов четырёхбуквенного кода "пурин-пиримидин"

А толку? Я думал, что мы шестибуквенный пытаемся получить. А если просто упражняемся на тему четырёхбуквенных - это пустая трата времени.

 Отправлено: 29.09.11 09:45. Заголовок: A - аденин T - тимин..

Шестибуквенным займусь позже - сначала надо понять принцип и хотя бы определить вещества Х)

A - аденин
T - тимин
G - гуанин
C - цитозин
iG - изогуанин
iC - изоцитозин
dA - деоксиаденин
H - гипоксантин
D - диаминопурин
B - ??? вероятно, 5-бромуридин
X - ксантин
dX - дезоксиксантин
P - ???
K - диаминопиримидин
Y ака Ψ - псевдоуридин

Z - ???
P - ???

O - оротат
Отсюда

 Отправлено: 29.09.11 12:46. Заголовок: Мех пишет: P Пуром..

Мех пишет:

цитата:

P

Пуромицин. Второй, возможно, плеокацетин или псевдоуридин, но не ручаюсь.
Мех пишет:

цитата:

K

Коформицин?

 Отправлено: 29.09.11 18:47. Заголовок: Мех пишет: вероятно..

Мех пишет:

цитата:

вероятно, 5-бромуридин

Где ты там бром увидел?

 Отправлено: 29.09.11 19:00. Заголовок: Сам не знаю %) Там, ..

Сам не знаю %) Там, где я взял ту круглую штуку, бромуридин обозначен как B в одном ряду со всякими нужными нуклеотидами.

 Отправлено: 30.09.11 12:42. Заголовок: Мех пишет: где я вз..

Мех пишет:

цитата:

где я взял ту круглую штуку

Оротат?

 Отправлено: 30.09.11 13:04. Заголовок: Ну ессно оротат, как..

Ну ессно оротат, какие ещё круглые штуки там могут быть?

На Васторуме я применю комбинацию D-T / C-H

Шестибуквенной может быть A-T / G-C / iG-iC с вариациями (D, T, B, dA вместо A), других пока не нашёл:
* H-K нестабильно, хотя соединяется правильно, а H нет в моём списке букв, образующих неоднозначные связи с C.
* X и K образуют стабильные соединения достаточно неохотно.
* Про всякие Z-P и V-J я ничего толком не знаю.

А вот возможность существования трёхбуквенных и пятибуквенных кодов я проверю.

UPD: вот список хороших двухбуквенных:

T-C и T-iC (наилучшие сочетания, прост-таки идеал)
G-A (хотя аденин неплохо будет соединяться с себе подобным)
X-P (технически возможно, но могут возникнуть трудности)

Вообще, среди пуринов хороших комбинаций я не увидел.

 Отправлено: 30.09.11 13:07. Заголовок: Мех пишет: G-C / iG..

Мех пишет:

цитата:

G-C / iG-iC

"Изо" могут перемешаться... Хотя, сейчас посмотрю формулы.
P.S. Я бросил клич по трём химическим форумам.

 Отправлено: 30.09.11 13:17. Заголовок: iG-C и G-iC образуют..

iG-C и G-iC образуют неоднозначные связи, о которых я ничего не знаю, кроме того, что они крайне необходимы %)

 Отправлено: 30.09.11 14:32. Заголовок: Мех пишет: Вообще, ..

Мех пишет:

цитата:

Вообще, среди пуринов хороших комбинаций я не увидел.

Но почему-то природа их выбрала наравне с пиримидинами и отбраковала пиразины.

 Отправлено: 29.09.11 10:09. Заголовок: dX дезоксиксантин. П..

цитата:

dX

дезоксиксантин. Привет от Кэпа

 Отправлено: 29.09.11 10:12. Заголовок: Я про него ничего не..

Я про него ничего не смог найти, хотя именно так и думал. Тот дезоксиксантин, формулу которого удалось нагуглить, выглядел иначе.
А остальные?

 Отправлено: 29.09.11 12:48. Заголовок: click here..

 Отправлено: 29.09.11 12:50. Заголовок: click here..

 Отправлено: 29.09.11 13:05. Заголовок: Может быть, в польск..

 Отправлено: 29.09.11 13:51. Заголовок: Нуклеотиды.

Прошу пользоваться кнопкой "Правка" и возможностью заменять "click here" на собственное описание того, что по ссылке -_-
За названия спасибо, записал в тот пост несколько штук. K не совпал (найденная формула - вообще пиримидин, а не пурин), B не знаю, Z и P по-прежнему вне уверенности.

Алсо:
Кто сможет прочитать - молодец.

 Отправлено: 29.09.11 15:11. Заголовок: Диаминопиранидин, 2-..

Диаминопиранидин, 2-аминопиразин, 6-аминопиразин, ксантозин и соцветие разных "изо".

 Отправлено: 29.09.11 16:04. Заголовок: Юный биолог пишет: Д..

Юный биолог пишет:

цитата:

Диаминопиранидин

Таки диаминопиримидин, который полностью совпадает с K =)
А вот пуромицин оказался вообще совсем не тем =/

 Отправлено: 29.09.11 16:58. Заголовок: Мех пишет: Таки диа..

Мех пишет:

цитата:

Таки диаминопиримидин

Как написано было, так я и прочитал.

 Отправлено: 29.09.11 16:22. Заголовок: Тут в конце интересн..

 Отправлено: 29.09.11 17:04. Заголовок: И впрямь интересная,..

И впрямь интересная, спасибо =)

Значит, никотинамид соединяется с урацилом... Не слишком хорошо, конечно, но аденин с тимином тоже только две цепи формируют. Появилось желание сделать цепь на одних пиримидинах %) Например, N-U / T-K, или T-C.

 Отправлено: 29.09.11 17:47. Заголовок: Вставь ещё Y - псевд..

Вставь ещё Y - псевдоуридин.

 Отправлено: 29.09.11 18:03. Заголовок: Ψ - тоже псевдо..

Ψ - тоже псевдоуридин. Есть ещё некий дигидроуридин.

 Отправлено: 29.09.11 18:20. Заголовок: Во, точно, псевдоури..

Во, точно, псевдоуридин! И Y всяко красивше, чем Пси %)

 Отправлено: 29.09.11 19:00. Заголовок: Если разберёшься.....

 Отправлено: 30.09.11 13:35. Заголовок: У меня оно не открыв..

У меня оно не открывается %)

Трёхбуквенные комбинации:

G-C / X-X
H-C / B-B

Хотя тут я не очень хорошо понял принцип.

 Отправлено: 30.09.11 14:29. Заголовок: Никотинамид тоже нап..

Никотинамид тоже напиши.

 Отправлено: 30.09.11 14:50. Заголовок: Про пиразины даже не..

Про пиразины даже не слышал %__%

Никотинамид как воздействует с остальными?

 Отправлено: 30.09.11 15:04. Заголовок: Я тебе кидал ведь ка..

Я тебе кидал ведь картинку. По крайней мере одна пара.

 Отправлено: 30.09.11 19:34. Заголовок: Z - это 6-амино-5-ни..

Z - это 6-амино-5-нитро-2(1H)-пиридон.
Не знаю, вдруг полезно...

 Отправлено: 30.09.11 20:46. Заголовок: Хорошая вещь, но без..

Хорошая вещь, но без названий лично мне не поможет, да и ничего нового я там не увидел (молекулы не сравнивал).
А у Z есть человеческое название?

 Отправлено: 01.10.11 07:44. Заголовок: Нет, у всех таких то..

Нет, у всех таких только номенклатурные. Буквами их обозначили, чтобы различать.

 Отправлено: 01.10.11 12:29. Заголовок: Тогда не будет зазор..

Тогда не будет зазорно придумать им свои названия, заточенные на местное название) Как гуанин и урацил, простигосподи.

Чтобы различать? То-то я думаю, чего у меня в списке два P Х))

 Отправлено: 01.10.11 16:46. Заголовок: Думаю, не зазорно...

Думаю, не зазорно.

 Отправлено: 01.10.11 19:49. Заголовок: Моя интуиция подсказ..

 Отправлено: 01.10.11 23:56. Заголовок: Пока что нам тех кис..

Пока что нам тех кислот, что уже есть, хватит на много лет - РНК как основная, ТНК, ПНК, ЗНК, морфолино и что-то ещё.

Я предлагаю сменить тему дискуссии - например, на кремниевую биохимию :3 Ко всему прочему, я слышал, что в космосе кремнийорганическая жизнь чувствует себя гораздо комфортнее, чем углеродная, и что углеродные формы жизни технически доминируют на планетах, а кремниевые - чем дальше от них, тем лучше. Очень заманчиво использовать кремнийорганику как минимум для строительства оболочек-панцирей, способных к "фотосинтезу" по типу солнечных батарей %) Или заняться биохимией Анорги, включив в генетическую цепь максимум металлов.

 Отправлено: 02.10.11 11:18. Заголовок: Проблема в том, что ..

Проблема в том, что они вообще вряд-ли могут существовать.
Мех пишет:

цитата:

Ко всему прочему, я слышал, что в космосе кремнийорганическая жизнь чувствует себя гораздо комфортнее, чем углеродная

И где ты слышал эту чушь? Связи кремния длиннее и слабее углеродных, их легче разбить.

 Отправлено: 02.10.11 11:24. Заголовок: Юный биолог пишет: И..

Юный биолог пишет:

цитата:

И где ты слышал эту чушь?

В нескольких источниках, достоверность которых у меня не вызывает сомнений. В космической бездне и не такое плавает %)

 Отправлено: 02.10.11 11:48. Заголовок: Мех пишет: В нескол..

Мех пишет:

цитата:

В нескольких источниках, достоверность которых у меня не вызывает сомнений.

А у меня вызывает. Я тебе уже сообщил причину. Если кремниевые организмы могут существовать, то место им - там, где жарко.

 Отправлено: 02.10.11 12:07. Заголовок: В космосе температур..

В космосе температура на освещённой стороне доходит вроде до 150 градусов при освещении, аналогичном земному. Я думаю, этого хватит Х)

 Отправлено: 02.10.11 12:26. Заголовок: Если это тёмная пове..

Если это тёмная поверхность.

 Отправлено: 02.10.11 12:48. Заголовок: Алюминиевый лом, пом..

Алюминиевый лом, помещённый на такое же расстояние от Солнца, что и Земля, разогреется прост-таки до жути, какого бы цвета он ни был. Я хочу приспособить эту энергию в метаболизме.

 Отправлено: 04.10.11 18:28. Заголовок: Я вот тут думаю - мо..

Я вот тут думаю - может некая колония "водорослей" при впадении реки в море существовать за счёт разницы концетрации растворов? Если может, утащу на Оникс.

 Отправлено: 05.10.11 09:45. Заголовок: Наверняка как-то воз..

Наверняка как-то возможно. Может быть, какой-то электрический эффект.

 Отправлено: 05.10.11 12:35. Заголовок: Таки придумал я ещё ..

Таки придумал я ещё один способ получения энергии Ну, кроме как из атмосферных разрядов.

 Отправлено: 05.10.11 12:48. Заголовок: Источником энергии з..

Источником энергии здесь будет служить осмотическое со стороны менее солёной воды.
До физхимии тебе, кажется, ещё жить и жить? Что такое осмотическое давление сам нагуглишь, или лучше рассказать?

 Отправлено: 05.10.11 14:34. Заголовок: Zenitchik пишет: Ис..

Zenitchik пишет:

цитата:

Источником энергии здесь будет служить осмотическое со стороны менее солёной воды.

Я как-то в курсе. Иначе бы не предложил.
Zenitchik пишет:

цитата:

Что такое осмотическое давление сам нагуглишь, или лучше рассказать?

Я 2 месяца потратил в прошлом году на то, чтобы понимать его смысл - к олимпиаде готовился. Почему вы решили, что я ничего о нём не знаю?

 Отправлено: 05.10.11 17:52. Заголовок: Юный биолог пишет: ..

Юный биолог пишет:

цитата:

Почему вы решили, что я ничего о нём не знаю

Я о нём узнал на третьем курсе. Когда по физхимии проходили растворы.

 Отправлено: 06.10.11 19:20. Заголовок: *Лыба до ушей*..

 Отправлено: 06.10.11 20:57. Заголовок: Боже мой, где ты это..

Боже мой, где ты это раскопал?! :D

 Отправлено: 07.10.11 07:44. Заголовок: Сам не помню(-:..

Сам не помню(-:

 Отправлено: 07.10.11 19:30. Заголовок: Ещё штучка(-:..

 Отправлено: 08.10.11 07:44. Заголовок: http://www.membrana...

http://www.membrana.ru/particle/789
Прошу прощения, проблемы со вставкой ссылок.

 Отправлено: 08.10.11 08:12. Заголовок: Юный биолог пишет: П..

Юный биолог пишет:

цитата:

Прошу прощения, проблемы со вставкой ссылок.

С правкой постов тоже?

[url=адрес]описание[/url]
Скопируй и пользуйся %)

цитата:

Открой секрет, что такое ЛНК?

ЗНК по-аглицки.

Всё, что было на Мембране, я давным-давно читал - собсно, оттуда и брал информацию. Что-то новое увидел только в последней ссылке: АНК ранее не попадались %) А вообще - ниасилил, многабукав.

 Отправлено: 08.10.11 11:22. Заголовок: Мех пишет: Что-то н..

Мех пишет:

цитата:

Что-то новое увидел только в последней ссылке: АНК ранее не попадались %) А вообще - ниасилил, многабукав.

Да ничего другого и не требуется(-:

 Отправлено: 08.10.11 07:49. Заголовок: Открой секрет, что т..

Открой секрет, что такое ЛНК?

 Отправлено: 08.10.11 07:53. Заголовок: http://bd.patent.su/..

http://bd.patent.su/2376000-2376999/pat/servl/servletefa0.html
Пробеги глазами.

 Отправлено: 08.10.11 11:30. Заголовок: Вот ещё нуклеотиды. ..

Вот ещё нуклеотиды. Только формулы напечатанные, а не нарисованные.

 Отправлено: 08.10.11 12:08. Заголовок: Ну, это уже не совсе..

Ну, это уже не совсем то. Хотя, наверное, будь псевдо-нуклеотиды основными, обычные работали бы как мутагены. Типа другой закрученности %)

 Отправлено: 08.10.11 15:59. Заголовок: А псевдоурацил?..

А псевдоурацил?

 Отправлено: 08.10.11 16:01. Заголовок: Это просто в компани..

 Отправлено: 08.10.11 16:48. Заголовок: Просто чтобы не поте..

 Отправлено: 08.10.11 17:49. Заголовок: "В" полность..

"В" полностью совпадает с небуларином!!!

 Отправлено: 08.10.11 18:56. Заголовок: "Р" по прежн..

"Р" по прежнему загадка...

 Отправлено: 08.10.11 19:10. Заголовок: A - аденин T - тими..

A - аденин
T - тимин
G - гуанин
C - цитозин
U - урацил
F-U - 5-фторурацил
Cl-U - 5-хлорурацил
Br-U - 5-бромурацил
I-U - 5-йодурацил
S-U - 4-тиоурацил
С_т - псевдоаденин
А_т - псевдоцитозин
Т_т - псевдогуанин
iG - изогуанин
iC - изоцитозин
dA - дезоксиаденин
H - гипоксантин
D - диаминопурин
B - небуларин
X - ксантин
dX - дезоксиксантин
P₁ - аминопурин
K - диаминопиримидин
Y - псевдоуридин
N - никотинамид
Z - аминонитрогидропиридон
Р₂ - ???
O - оротат
М - метилкетоптерин

 Отправлено: 08.10.11 19:25. Заголовок: Здорово =) Только со..

Здорово =) Только совершенно непонятно, какие связи образуют N и O, и с кем.

 Отправлено: 08.10.11 19:34. Заголовок: N c тимином и урацил..

N c тимином и урацилом. О с аденином. М с цитозином.

 Отправлено: 08.10.11 19:52. Заголовок: Урацил обидели. А я ..

Урацил обидели. А я только заметил.
Ё моё, 24 буквы!

 Отправлено: 08.10.11 20:56. Заголовок: Юный биолог пишет: N..

Юный биолог пишет:

цитата:

N c тимином и урацилом. О с аденином. М с цитозином.

А всякие неоднозначные пары и нестабильные соединения? У меня есть список по тем, первым буквам, но принципа я не знаю.

цитата:

Урацил обидели. А я только заметил. Ё моё, 24 буквы!

Урацил полностью аналогичен не могу вспомнить кому Х")
Да, много =) Но учёные головы говорили, что всего 12 - ужели ошибаются?